次の例は、デソキシコレイト寒天培地に E. coli 試料を添加して培養したものです。24時間培養後で 1cfu コロニーも、実は2個の大腸菌コロニーだったことが検出時に確認されています。これは、大腸菌検出の例ですが、一般生菌数のコロニーカウントも同様で、カウント数が目視検査より正確になります。
図a.は培養8時間後の寒天培地を示しています。白矢印が示すコロニーは目視では確認が困難なレベルのマイクロコロニーですが、この時点の3D影像では2つのコロニーが検出されていることが明確にわかります。この時点ではコロニーは2個と自動検出計数されてコロニーマーカーも2つと記録されます。
図d.は培養24時間後の寒天培地を示しています。この時点では目視ではコロニーは1個とカウントされますが、実際は装置の自動計数結果の2個であることが明確にわかります。目視検査の場合は、コロニーカウントの単位は cfu (colony forming unit) とされていますが、MicroBio μ3D を使用した場合はコロニーの個数でもよく、微生物数に相当しています。